A lo largo del siglo XX, el Ayuntamiento de Madrid desarrolló una labor importante en la recuperación, conservación y difusión del patrimonio arqueológico madrileño.
Sucesivas instituciones culturales municipales, desde los inicios del Servicio de Investigaciones Prehistóricas y el Museo Prehistórico hasta el Instituto Arqueológico, tomaron parte en esta actividad mediante actuaciones de investigación arqueológica, en algunos casos pioneras, que permitieron no sólo recuperar los objetos sino también importantes datos obtenidos durante el proceso de excavación.
La importancia de esta labor es mayor, si cabe, al ser las informaciones y objetos recuperados lo único que resta de gran parte de los yacimientos que rodearon Madrid y que fueron destruidos por el crecimiento de la ciudad y sus actividades productivas. La formación de unas colecciones numerosas, que cubren la totalidad de los periodos culturales desde el Paleolítico a la actualidad, en un área amplia en torno a los valles del Manzanares y del Jarama.
El Museo de San Isidro. Los Orígenes de Madrid es el último eslabón de esta cadena. Fue inaugurado el 15 de mayo de 2000 por el entonces alcalde de Madrid José María Álvarez del Manzano y su colección procede en su mayor parte del desaparecido Instituto Arqueológico y del Museo de Historia de Madrid. Muestra la historia de la ciudad desde la prehistoria hasta el establecimiento de la Corte a través de piezas arqueológicas, maquetas y grabados.