La Colegiata de San Isidro fue en un principio la Iglesia del antiguo Colegio Imperial de la Compañía de Jesús y fue construida entre 1622 y 1664. Tras la expulsión de los jesuitas en 1767 cambió su advocación a San Isidro, cuyos restos custodia en su interior, junto con los de Santa María de la Cabeza.
De 1885 a 1993 tuvo la categoría de Catedral de Madrid que ahora ostenta la Catedral de la Almudena. Durante la Guerra Civil el Templo resultó dañado por un incendio que provocó provocó el hundimiento de la cúpula y la pérdida de numerosas obras de arte. Durante las obras de restauración se decidió levantar un tramo las torres de la fachada, que ya en la obra original habían quedado inconclusas.