En el exterior destaca el pórtico de entrada, con arcos carpaneles, así como la utilización combinada del ladrillo y la piedra.
En el interior destacan el Retablo y la capilla del Santo Cristo.
La parroquia de San Ginés es una de las más antiguas de Madrid, ya que la iglesia primitiva parece ser que fue visigoda o mozárabe. Tras el hundimiento de la capilla mayor en 1642 se encargó la reconstrucción y reforma de la iglesia a Juan Ruiz, que inició las obras en 1645 y fue autor también de la aneja Capilla del Santo Cristo, situada perpendicularmente a los pies de la iglesia. Esta capilla tiene planta de cruz latina, que no se manifiesta al exterior por tener adosadas otras dependencias de la Congregación, con una sola nave y pequeña cúpula en el crucero.
La iglesia parroquial tiene, sin embargo, tres naves y amplias capillas laterales de planta cuadrada, crucero y cúpula. Las naves están separadas entre sí por arcos de medio punto apoyados sobre pilares: la central es más alta y se cubre con bóveda de cañón con lunetos y arcos fajones. El interior ha sufrido diversas modificaciones, entre ellas una importante reforma fechada a mediados del siglo XVIII y una restauración realizada después del incendio ocurrido en 1824, que destruyó la cabecera. La fachada a la calle del Arenal, es decir, la que corresponde a la cabecera de la capilla, la sacristía y la lonja de entrada, fue proyectada en 1870 por José Mª Aguilar en estilo neoplateresco, pero después de la Guerra Civil se restauró de nuevo y se limpiaron los revocos, desapareciendo toda esta decoración. Los paramentos se rehicieron entonces de ladrillo y mampostería y se completó la portada de la calle de Bordadores, a los pies de la iglesia.
