Sagasta presidió el gobierno durante la Guerra de Cuba de 1898 que supuso la pérdida de las colonias de ultramar. A pesar de asumir la responsabilidad por los resultados de la guerra se le confió nuevamente el gobierno de la nación en el período de 1901–1902 en medio de la crisis por su sucesión en el partido liberal que lideraba. Finalmente Sagasta murió el 5 de enero de 1903, a los pocos días de dejar definitivamente la presidencia del gobierno.
