Durante el siglo XIX la iglesia y Monasterio de los Jerónimos pasó por diferentes vicisitudes que alteraron sustancialmente su fisonomía. Sufrió numerosos daños durante la Guerra de la Independencia ya que, después de expulsar a los monjes, las tropas francesas ocuparon el edificio, convertido en cuartel, ocasionando grandes desperfectos entre los que destaca la pérdida de la mayor parte de sus riquezas ornamentales.
En 1836, después de recuperar su primitiva función, la Desamortización de Mendizábal provocó un nuevo cierre del edificio, que se transformó en Parque de Artillería y hospital de coléricos.
Gracias al Patrocinio del rey consorte Francisco de Asís, esposo de Isabel II, la Iglesia volvió a consagrarse al culto, no sin antes realizar importantes obras de reforma. Estas fueron encargadas a Narciso Pascual y Colomer, quien entre 1848 y 1859 construyó las torres que flanquean el ábside del edificio y que aquí vemos retratadas por Charles Clifford, en una fotografía realizada en 1862, poco después de terminar las obras.
