Este Monasterio, fundado por Enrique IV en 1454 junto al río Manzanares, lo erigen los Reyes Católicos de nuevo en este emplazamiento, en 1505, como Monasterio de San Jerónimo El Real, y fue destruido en la invasión napoleónica y en las desamortizaciones, siendo rehecha la iglesia por impulso de Francisco de Asís aportando nuevos elementos de estilo gótico.
Siendo Madrid elegida en las estancias reales cuando la Corte era itinerante, se celebraron Cortes en 1329, 1419, 1435, 1436 y 1438. Posteriormente, se celebraron en esta Iglesia de San Jerónimo las Cortes del Reino desde los tiempos de los Reyes Católicos hasta la jura de Fernando VII.
Fueron jurados los herederos al trono desde Felipe II hasta Isabel II el 20 de junio de 1833. Fue memorable la Proclamación al Trono del Príncipe Baltasar Carlos en 1632, cuando solo tenía tres años o el día de la solemnísima coronación y juramento de Felipe V el 8 de mayo de 1701 o la Jura del Príncipe de Asturias Fernando VII en 1789.
Para estas ceremonias se disponía la Iglesia con los bancos enfrentados mirando a un pasillo central de la nave, centralizando el acto dentro del presbiterio. La iglesia se adornaba de bellos tapices y mullidas alfombras.
También se celebraron exequias reales con monumentos funerarios de impresionante efecto para acompañar a su solemnidad como el de la reina Isabel de Valois, y bodas como la de Alfonso XIII con Victoria Eugenia de Battemberg el 17de mayo de1906.
El rey Don Juan Carlos conmemoró en este monasterio el principio de su reinado con una Misa del Espíritu Santo.
